Diplômé de l'Institut d'Etudes Politiques de Paris et ancien élève de l'ENA (promo 1982).
Débute à la Caisse des Dépôts et Consignations en tant que responsable de la Trésorerie devises et des eurocrédits, puis après un passage à la COB en 1985, réintègre la Caisse des Dépôts en tant que responsable du développement commercial des activités sur les marchés monétaires et obligataires, avant d'être nommé en 1990 directeur général de la Caisse autonome de refinancement.
Directeur financier à la direction des activités bancaires et financières de la Caisse des dépôts depuis 1993, il est nommé directeur financier de CDC IXIS en 2000, avant d'être nommé membre du directoire en 2002 puis président du conseil de surveillance de CDC IXIS financial guaranty holding en 2003.
Membre du directoire et directeur financier de CNP Assurances depuis le 16 décembre 2003. Antoine Lissowski est également président de la commission plénière économique et financière de la Fédération française des sociétés d'assurances (FFSA) et président du comité directeur "Solvency II" du Comité européen des assurances.